ناشد السيد على الأمين المرجعيّة الدينية في العراق "بأن لا تدخل في دائرة إصدار الفتاوى التي تجعلها طرفاً في الصراعات الدموية الجارية على أرض العراق الحبيب"، وقال: "إن إصدار الفتاوى بالتعبئة العسكرية تساهم في تأجيج النزاعات وتلقي عليها الصبغة الطائفية والمذهبية. إن دور المرجعيّة الدينية يحتّم عليها الدّعوة إلى وقف سفك الدماء، والعمل على جمع كلمة المسلمين وإبعاد الفتن عنهم، والدعوة إلى الإصلاح بعيداً عن العنف والسلاح".
وتابع: "إنّ إسباغ الصفة الدينية على الصراع سيستدعي صدور فتاوى من جهات دينية أخرى تدعو إلى التّعبئة المخالفة، وهذا ما سيزيد نار الطائفيّة اشتعالاً ويدخل العراق والأمّة كلها في فتنة عمياء لا يفرح بها غير الأعداء الذين يتربّصون بها الدَّوائر من الطامعين بتفكيك عراها وهدم بنيانها.
إن المطلوب من المرجعية الدينية في العراق أن تكون في موضع الأبوة لجميع المسلمين وجميع العراقيين، وهي ليست مرجعية تحصرها خصوصية القطر الذي تتواجد فيه، فهي ليست للشيعة وحدهم وليست للعراقيين وحدهم، انها التي تتفاعل مع كل قضايا الإنسان والأمّة في العالم، هي التي تعمل على ترسيخ الوحدة والتعايش السلمي في كل الأوطان، وهي التي تعمل على تعزيز الروابط الدينية والوطنية بين المواطنين". 
وأضاف: "نحن نريد من المرجعية الدينية المزيد من الإهتمام بالحوزة العلميّة وطلاب العلوم الدينية في النجف الأشرف وسائر المدارس والحوزات في العالم من خلال تحديث المناهج وإعادة النظر في طرق التدريس ووسائله مما يساعد على مزيد من الوعي والإنفتاح بين المذاهب الفقهية والأمم والشعوب ، وقد يكون للسياسة أهلها ولكن لا يوجد سوى المرجعية الدينية أهلاً للقيام بإعداد العلماء في الشريعة الناشرين لتعاليمها والمبلغين لأحكامها والعاملين على تحقيق مقاصدها في وحدة الأمة عملاً بقول الله تعالى (ولتكن منكم أمّة يدعون إلى الخير ويأمرون بالمعروف وينهون عن المنكر وأولئك هم المفلحون)". 
وختم: "هذا نداؤنا للمرجعيّات الدينية اليوم كما كان نداءنا لها بالأمس البعيد والقريب، حفظ الله العراق وشعبه وكل ديار العرب والمسلمين،والسلام عليكم ورحمة الله وبركاته".