أكدت هيئة علماء المسلمين في لبنان رفضها لـ"دعوى حرية الرأي كذريعة لتبرير تهجّم الصحيفة الفرنسية وغيرها من المجلات الأوروبية على الأديان عموما وعلى النبي محمد خصوصا، وتضم صوتها إلى صوت الكثيرين حول العالم الذين دعوا إلى الفصل بين الإساءة الشخصية من جهة  وحرية الرأي من جهة أخرى".
ودعت الهيئة في بيان مفتي الجمهورية اللبنانية الشيخ عبد اللطيف دريان الى "تقديم اعتراض رسمي باسم المسلمين في لبنان إلى السفارة الفرنسية"، مطالبة الدولة الفرنسية والاتحاد الأوروبي والمنظمات الحقوقية العالمية إلى "استصدار قانون يجرّم الإساءة إلى المقدسات والرموز الدينية، مع العلم أن لجنة الفتوى في الهيئة ستصدر فتوى شرعية تتناول فيها حكم تأييد المعتدين على الرسول الكريم صلى الله عليه وسلم".
وشددت على "ضرورة الالتزام بالدين الكامل وإلى التمسك بسنة النبي، وإلى التخلق بأخلاقه كأفضل رد على الإساءات والعمل على نشرها وإظهار المحبة بالاقتداء لا بالادعاء". واستنكرت "ما حصل في سجن رومية من اعتداء على سجناء عُزّل وضربهم ضربا مبرحا نتيجة وشاية كاذبة تبيّن أن لا أساس لها من الصحة، كما ترفض إهانة المعتقدات عبر شتم الذات الإلهية والأنبياء والصحابة وإهانة الكرامات عبر تجريد المساجين من ثيابهم وتركهم لأكثر من ليلة على هذه الحالة".
ودعت القضاء إلى "محاسبة المتجاوزين، وتحميل المسؤولية لمن أصدر الأوامر لمثل هذه الممارسات الوحشية، وتطالب المنظمات الإنسانية والحقوقية للكشف السريع عمّا حصل وإظهاره للرأي العام"، مشددة على "ضرورة إقفال هذا الملف بشكل نهائي من خلال محاكمات عادلة سريعة وشفافة".
وأكدت الهيئة تمسكها "في حق وواجب نصرة الشعب السوري المقهور"، معتبرة أن "الإساءة الى الهيئة والنيل من علمائها محاولة لكم  أفواه الأحرار ولمنعهم من نصرة المظلوم؛ وتعتبر هذا الفعل محاولة للعب بالنار وإيقاظاً للفتنة الداخلية من جهة وظلماً لهيئة نذر علماؤها أنفسهم للدفاع عن المظلومين وحماية السلم الأهلي والمحافظة على الوطن من جهة أخرى".